L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) propose une offre de thèse sur trois ans, centrée sur l’utilisation des spectres moyen infrarouge (MIR) du lait comme indicateurs de santé et de bien-être chez la brebis laitière. Cette recherche s’inscrit dans le cadre du projet WAIT4 (Intelligence artificielle et nouvelles technologies pour évaluer des indicateurs pertinents de bien-être animal dans le contexte de la transition agroécologique).
Le projet vise à apporter des solutions concrètes aux éleveurs face aux défis du changement climatique, en développant des outils d’évaluation robustes, accessibles et acceptables pour la société. Le lait, fluide biologique déjà analysé dans les élevages laitiers via des méthodes MIR pour le dosage de ses composants, pourrait ainsi devenir un levier clé pour le pilotage de la santé animale.
Alors que cette approche a été validée chez la vache laitière, son application chez la brebis laitière reste à démontrer. Cette thèse propose donc de combler cette lacune scientifique, en explorant les liens entre les spectres MIR et divers paramètres liés à la santé, au bien-être, au métabolisme, aux comportements et aux statuts digestifs ou parasitaires des brebis.
Objectifs scientifiques de la thèse
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Étudier la corrélation entre les spectres MIR du lait et les indicateurs de bien-être animal (grilles d’évaluation, comportement, santé, statuts métaboliques, digestifs et parasitaires).
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Identifier les changements mesurables dans ces indicateurs suite à une perturbation environnementale (comme le stress thermique), via les variations dans les spectres MIR.
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Poser les bases d’un outil d’aide à la décision pour les éleveurs de petits ruminants, basé sur une approche scientifique rigoureuse et applicable en conditions réelles d’élevage.
Contexte de travail et encadrement
Le doctorant ou la doctorante sera accueilli(e) au sein de l’UMR GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Élevage) à Castanet-Tolosan (proche de Toulouse), avec des déplacements réguliers prévus à l’UMR MoSAR (Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants), localisée sur le plateau de Paris-Saclay.
L’encadrement de la thèse sera assuré par :
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Morgane Coste-Thire (UMR GenPhySE, AgroToulouse)
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Valérie Berthelot (UMR MoSAR, AgroParisTech)
La thèse est rattachée à l’école doctorale ABIES (AgroParisTech, Université Paris-Saclay).
Profil et compétences recherchées
Formation requise :
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Diplôme de niveau Bac+5 : Master 2 ou diplôme d’ingénieur dans les domaines suivants :
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Zootechnie
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Sciences animales
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Médecine vétérinaire
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Biologie animale, physiologie ou microbiologie appliquée à l’élevage
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Compétences techniques et scientifiques attendues :
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Connaissances solides en physiologie digestive, métabolique et en santé animale
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Intérêt marqué pour l’éthologie et les interactions entre environnement et bien-être animal
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Maîtrise de l’analyse de données (statistiques, modèles biologiques)
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Expérience en modélisation ou analyse de spectres (serait un atout)
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Capacité à mener des travaux expérimentaux sur le terrain et en laboratoire
Autres qualités attendues :
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Autonomie, rigueur scientifique et goût pour le travail collaboratif
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Capacités rédactionnelles en français et en anglais
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Une expérience de stage ou professionnelle dans le domaine de l’élevage sera fortement valorisée
Conditions de la thèse
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Durée : 3 ans
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Type de contrat : CDD doctoral
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Rémunération : entre 2 100 € et 2 200 € brut mensuel
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Date de début souhaitée : entre septembre et fin octobre 2025
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Financements : acquis (INRAE, MP SANBA, PEPR Agroécologie & Numérique)
Environnement et avantages à INRAE
En intégrant INRAE, établissement public de recherche reconnu au niveau international, vous bénéficierez de conditions de travail avantageuses :
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Jusqu’à 45 jours de congés par an (30 jours ouvrés + 15 RTT)
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Accès à des formations professionnelles et accompagnement carrière
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Soutien à la parentalité (CESU garde d’enfants, prestations loisirs)
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Activités sportives et culturelles au sein de l’établissement
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Accès à la restauration collective
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Aides sociales et accompagnement pour les doctorants internationaux
Modalités de candidature
Les personnes intéressées doivent envoyer leur CV et une lettre de motivation à :
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Valérie Berthelot : valerie.berthelot@agroparistech.fr
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Morgane Coste-Thire : morgane.costes-thire@inrae.fr
Date limite de candidature : 11 juillet 2025
